将绩效管理作为加强现代预算管理制度和现代财政制度建设、推动国家治理体系和治理能力现代化的一项重要举措，具有重大的现实意义，但具体到实施预算绩效管理还有很多理论和实践问题需要深入思考、研究和探索，尤其是在实施过程中需要明确地原则问题。

实施预算绩效管理的指标体系包括目标指标体系和绩效评价指标体系两个方面，而绩效评价指标体系是为目标指标体系的实现服务的。

因此，政府与事业单位指标体系的设计必须围绕政策的贯彻落实、职能职责有效履行、公共财政资源优化配置效率来进行。

一是准确把握指标体系设计的依据。目标体系的设计站位要高，要把党和国家的方针政策、发展战略、法律法规和制度作为目标体系和评价指标体系设计的基本遵循，把部门预算、项目预算的确定和考核与国家整体发展战略确定的目标任务有机结合起来。

二是立足财政改革发展和部门履职的实际。一定时期的预算安排总体水平和结构既反映政府及其职能部门的活动，也受制于经济体制和财政预算管理体制，因此，预算绩效的目标指标体系和评价指标体系的设计既要立足于政府及其职能部门履职的实际，也要立足经济社会发展和财政改革发展的实际与趋势，还要与财政中长期发展规划和年度计划、项目规划等紧密关联，做好基于全面预算的战略体系规划。

三是坚持问题导向。我国实施预算绩效管理时间不长，目前还存在预算绩效指标不完整不细化、量化程度不够、可衡量性不够、与项目匹配度不高、指标设置不规范等问题，需要在实践探索中不断进行绩效管理体系优化。

四是简明、可操作。实施预算绩效管理是一个系统工程，涉及方方面面，而且要接受社会各方面监督。指标体系的设计要做到尽可能的精炼、明晰，便于实际操作和接受各方面的监督，要尽量避免繁杂，而加强实际操作性。另外，目前的评价，特别是自评价形成的结果可信度、可用度尚存在差距，需要进一步优化简练指标体系。